В 1960 году здания храма и колокольни постановлением Совета Министров РСФСР были поставлены на охрану как памятники архитектуры.
В 1965 году М.Л. Богоявленский записывал: «Церковь имеет облезлый, грязный вид. Штукатурка местами обвалилась, некоторые кирпичи выскочили, в алтаре пробита дверь. Кресты сломаны, вместо них приделаны телеантенны. Внутри жилые квартиры. Колокольня в 1960-е годы реставрировалась».
В 1972 г. было проведено исследования живописи храма. В 1974 г. начались реставрационные работы.
В начале 2000 года реставраторам удалось расчистить покрытые слоями побелки росписи свода и несколько фрагментов на стенах, долгие годы считавшиеся утраченными.
В заключении искусствоведческой экспертизы говорится: «Сохранившиеся фрагменты росписи храма должны рассматриваться как уникальный памятник русского церковного искусства XX века и как реликвия Церкви, достойная особого поклонения».
В 2017 году был проведен комплекс работ по консервации, реставрации и воссозданию утрат авторской живописи. Эскизы воссоздания живописи создавались на основе анализа сохранившихся эскизов В.А. Комаровского и материалов фотофиксации 1930-х годов.
В 1992 году здание храма и колокольня по распоряжению Правительства Москвы были переданы Русской Православной Церкви, но состояние полученных зданий не позволило сразу же возобновить богослужение. Лишь в декабре 1994 года начались службы в надвратном храме «Взыскание погибших», а в храме Софии Премудрости Божией возобновилось постоянное богослужение со дня совершения литургия на Пасху 11 апреля 2004 года.
В 2013 году произведена реставрация внешнего вида здания колокольни организацией ООО РСК «Возрождение».
В настоящее время богослужения в надвратном храме приостановлены, кроме дня престольного праздника.
